Massoud Toussi

CloseClinical.org

2008-07-15T00:05:00.005+02:00

Bientôt vous je vais vous présenter la nouvelle version du site CloseClinical.org entièrement dédié à l'informatique médical. J'ai commencé ce site depuis un moment, et il a été en ligne pendant quelques semaines, mais dû à un accueil plus important que prévu, et le trafic chargé du site, il a été trop lent à charger.
Du coup, j'ai mis le site off-line, pour faire deux choses:

Changer le template du site pour en mettre un avec moins d'image.
Supprimer la langue française, car la majorités des personnes intéressées par l'informatique médicale ont l'habitude d'utiliser les sites anglophones, et donc, la langue française du site ne fait qu'alourdir son gabarit.

J'en ai profité aussi pour changer le CMS du site et passer à Joomla 1.5!
En attendant, je vous propose de regarder un peu le site OpenClinical.org. Mais sachez que le CloseClinical.org arrivera prochainement avec plein de bonnes nouvelles!
A bientôt

OpenOffice de Novell ne respecte pas les conditions d'Open Source!

2008-05-03T22:29:00.004+02:00

La suite bureautique est divisée en plusieurs modules pouvant interagir entre eux et partageant des concepts généraux communs:

Writer – Traitement de texte
Calc – Tableur
Impress – Présentations multimédia
Draw – Dessin vectoriel
Base – Bases de données
Math – Formules mathématiques

Dans le cadre de sa politique de transparence, le format de stockage utilisé par OpenOffice.org est ouvert et documenté, il est standardisé comme format bureautique universel, sous le nom d’OpenDocument par l’organisme de normalisation OASIS, puis par l’ISO. L’exportation en fichier PDF (Portable Document Format) est disponible pour produire des documents à des fins de publications.

Novell (le distributeur de Suse Linux) distribue également une version de OpenOffice.org avec son linux, qui peut être aussi téléchargé sur le site de la société. Mais contrairement à la version communautaires, la distribution de Novell n'entre pas dans les définition de open source. Je fait allusion notamment à la cinquième condition des logiciel open source selon le site officiel d'Open Source Initiative: "No Discrimination Against Persons or Groups (pas de discrimination contre individus ou groupes").

Or, quand vous essayez d'installer OpenOffice.org Novell édition, le logiciel vous demande si vous n'êtes pas un ressortissant de Cuba, Corée du Nord, ... ce qui fait sortir cette version, du cercle des logiciels open source et équitables.

LOST IN TRANSLATION: Tout est pourriture, y compris le film!

2008-03-01T14:03:00.008+01:00

Une réunion des pourris serait-elle capable d'aprécier une autre chose que la pourriture? Des fois je me demande où sommes-nous en train d'aller avec la qualité dégradante du cinéma primé à HollyWood? Lost in Translation m'a de nouveau énervé hier soir. Ce film de Sofia Copola qui remorque quand même le noms d'un des meilleurs cinéaste dans l'histoire du cinéma, est justement un film techniquement bien fait. Mais il n'a rien de plus pour autant faire parler de soit.

Tout est artificiel dans le film: les sourires des japonais, les gestes de Bob Harris (Bill Murray) devan la caméra, l'insomnie de Charlotte (Scarlette Johanson), la raison de voyage de son mari alors qu'il l'a emené jusq'au Tokyo (pourquoi pas l'emener avec lui au voyage), les lettres que Harris reçois de sa femme sur les travaux à la maison, les "je t'aime" que les gens disent aux uns et aux autres, les jeunes japonais jouant devant les consoles de jeu, et même ce que la chanteuse avec les cheveux rouges chantes tous les soir au bar de l'hôtel.

Tout cela pourquoi? Pour montrer que les japonais sont quand même débile: il ne peuvent pas bien prononcer les mots (alors que ces les américain qu'il n'arrive pas parler le japonais, mais personne n'en parle), qu'ils ont des idées simpliste, qu'ils ont des idées simplistes, et que même les américain ne peuvent pas être heureux au Japon, sauf s'il y a d'autre américain qui peut les rendre heureux (encore par complètement).

Ce paradis occidental que le cinéma américain et européen essaient de montrer ne serait pas finalement un acte de projection et de jalousie contre les nations qui ont pris ou sont en train de prendre le devant de l'occident? Ce film de Sofia Copola est primé 1 Oscar (meilleur scénario original), 3 Golden globe (meilleur film, meilleur acteur et meilleur scénario) et 1 Sésar (meilleur film étranger). Alors que ce film, s'il était créé par un japonais aux Etats Unis, avec une histoire pareil mais dans l'autre sens, ne pourrait jamais être -même pas- commenté.

Je vois presque tous les films qui ridiculisent une nation autre que les nations occidentales, ou que les montrent misérables, sont primés dans des plus prestigieux festivals de films, même s'ils n'ont vraiment rien à présenter. Regarder tout simplement le succes de Borat. C'est dommage que les festivals internationals qui appréciaient autrefois les films montrant les gloires et les héros du monde, sont amené à apprécier aujourd'hui les films illustrant les pourritures du monde.

Je rends hommage ici à The Terminal de Steven Spielberg, le vrai film qui mérite porter le nom de Lost in Translation, la vraie poésie qui est en plus basée sur l'histoire vraie d'un iranien à l'aéroport Charles de Gaulles de Paris.

Fiche technique du film Lost in Translation dans IMDb
Fiche technique du film The Terminal dans IMDb

RAPID EYE MINER: un nouvel Oeuil pour Data Mining

2008-02-07T12:42:00.001+01:00

Utiliser RapidiMiner gratuitement (double lisense) et explorez vos données! Simplifiez la construction des vos expérimentations avec les nouvelles approches. Essayez de trouver la meilleure combinaison de processus et des étapes d'apprentissages ou laissez RapidMiner le faire automatiquement pour vous.

Ce sont des jolis mots que RapidiMiner a mis sur sont site. Pourtant, ça ne veut rien dire. Il faut tester le logiciel: ce que j'ai fait pour vous!

Je l'ai installé sur un portable Centrino Duo avec 1MB de mémoire vive avec Window XP. L'installation c'est passé correctement sans produire d'alerte ni d'erreur. L'interface graphique est beau et s'intègre bien dans l'environnement Windows ( un défaut: il ne fonction pas sur Linux! ). Il y a une très bonne et complète documentation. Bref, tout en étant un logiciel gratuit, il est comparable à Clementin de SPSS dans son allure et ses présentation graphique.

Par rapport à sa richesse fonctionnelle, il dépasse pourtant quelques uns des plus chers logiciels de data mining. Il cumule les fonctionnalités proposés par Weka et quelques unes intégrées par Yale (son prédecésseur).

Parmi ces avantage encore, un menu déroulant catégorisant les différents tests statistiques et modèles de data mining dans des catégories qui ressemblent beaucoup aux chapitres d'un bon livre en la matière.

Son archituecture modulaire et l'existance de plus de 400 plugin montrent déjà son succès.

Il faut rajouter à ses capacités, un vaste arsénal de module de visualisation des données. On peut créer pratiquement toute forme de visualisation que l'on peut créer avec R.

Il faut finalement parler de quelques bémols: sa prise en main est assez compliquée et je j'ai du passé quelques heures avant de pouvoir l'utiliser et avoir mes premirères expérimentations. Je pense que c'est dû à son workflow original avec lequel on n'a pas l'habitude de travailler. Deuxième défaut, au niveau de la manipulation des fichiers des données il n'est pas encore à la pointe: j'ai été obligé de changer plusieurs fois le format de mes données, car il ne pouvait pas les importer.

Enfin, je félicite l'équipe allemande qui l'a créé et l'équipe américaine qui a crée son acnestre Yale, et je vous conseil fortement de l'utiliser.

WOW: Modélisation d'une épidémie

2007-08-23T13:03:00.000+02:00

Quand je faisais mon Master en informatique médicale en 2003, il y avait un module où on devrait modéliser la propagation d'une épidémie de sida dans un village africain à l'aide de Scilab(image), un logiciel libre de calcul scientifique. Mais on n'avait pas les moyen de tout calculer et deux plus que le professeur était vraiment pas très sympa. Du coût, il me semblait que cela devrait être un travail ennuyant. Mais voilà pourquoi j'avais tort:

Le Professeur Nina Fefferman et sont équipe, de l'Université de Tufts, ont modélisé une maladie infectieuse fatale sur le jeu virtuel The Word of Warcraft(image). Malgré l'existence des mesures de prévention et de quarantaine, la maladie a propagé et a causé un chaos social au sein du jeu. Ils ont non seulement étudié la propagation du jeu comme un modèle social d'épidémie infectieuse, mais aussi ont étudié le comportement des joueurs par rapport à cette maladie. A ce propos, les chercheurs ont expliqué trois types de comportement:

Ceux qui partaient à l'aide des autres, sans se faire soucier qu'ils vont eux aussi attraper la maladie. En effet le caractère virtuel du jeu met en avant des comportements à risque -on le sais déjà.
Ceux qui se sont éloignés des zones infectées.
Ceux qui ont essayé de rendre malade les autres une fois qu'ils ont attrapé la maladie.

De point de vue technique, cette expérience était très intéressante. Car elle a permis d'inclure les comportements réels des individus devant une maladie, car les joueurs décident chacun personnellement pour son avatar. Ainsi, nous sommes plus proches de la réalité dans cet expérience que dans les modèles mathématiques classiques où on ne peut que modéliser ce comportement d'après nos observations du passé.

Pas mal, non?

A plus,

Lire l'article sur BBC (en anglais)

SHAKESPEARE IN LOVE

2007-08-18T09:37:00.001+02:00

Après avoir quitté sa femme et ses enfant à Stratford, et ayant déjà obtenu un certain titre de Master Shakespear, le jeune écrivain se trouve sans inspiration amoureuse pour écrire une nouvelle pièce. En quête d'amour, il rencontre Lady Viola une jeune dame de la bourgeoisie londonienne qui aime bien le théâtre. S'inspirant de cet amour sans but (car les deux sont mariés) il écrit Roméo et Juliette.

Un film de John Madden réalisé en 1998 qui a gagné en 1999 plusieurs Oscar dont meilleur film, meilleur scénario original, meilleur actrice(Gwineth Palthrow), meilleur second rôle féminin (Judy Dench) et meilleur direction artistique. Il a été récompensé également dans Golden Globe et Grammy Awards.

Pour un film ayant gagné autant de prix, je peux dire que j'ai été plutôt déçu. Mais il faut savoir aussi qu'avoir gagné beaucoup de prix ne veut rien dire, car cela dépend des autres concourant. Il y a des années où le meilleur film est moins bien que les films des années précédentes. Les scènes sont plutôt modeste, et les dialogues perdent leur rythme devant les paroles emprunté de l'oeuvre originale du Maître Shakespeare. Quelques personnage comme celui du garçon errant qui joue avec (ou vend) des souris ne sont pas développés; et surtout les effets spéciaux du film sont naïfs, comme l'accélération du film lors du combat de Shakespeare avec Wessex.
Comme beaucoup de films américain, il y a encore des personnage tout noir, ou tout blanc avec des contradictions qui peuvent être considérées comme des fautes dans une école française du cinéma: Shakespeare, le protagoniste du film est un homme parfait. Il fait tout bien: la littérature, la poésie, l'amour, le combat et la prière. Quand il se déguise comme une femme dans la court de Queen Elizabeth, il ose même parler et personne, y compris l'intelligente et brillante reine Angleterre ne soupçonne de rien. Au contraire, lord Wessex, son antagoniste, lui, il ne sait rien faire. Même quand il croit avoir tué Shakespeare, il se rend compte qu'il a tué Christophe Marlow.
Les scènes sont plutôt théâtrales et n'arrive pas à emporter l'audience dans l'intrigue. Si vous avez déjà lu Shakespeare et vous aimez ses pièces, contrairement à ce que vous attendez, ce film va vous décevoir. Par contre, si vous aimez Danielle Steel, vous allez aimez cette histoire!
A plus,
La fiche techniques du film Shakespear in love dans IMDb

TANAGRA pour Data Mining

2007-08-17T18:30:00.000+02:00

TANAGRA est un logiciel gratuit de Data mining destiné à l’enseignement et à la recherche. Il implémente une série de méthodes de fouille de données issues du domaine de la statistique exploratoire, de l'analyse de données, de l’apprentissage automatique et des bases de données.

C'est un projet ouvert au sens qu'il est possible à tout chercheur d'accéder au code, d'ajouter ses propres algorithmes et de diffuser, toujours gratuitement, le logiciel modifié.

Finalement, Tanagra est aussi le nom d'un cité grècque d'où vient la statuette que vous voyez ici.

(Source: Wikipédia)

Si vous n'avez pas les moyens pharamineux de vous acheter un logiciel commercial tel que Clémentine, et que vous ne pouvez pas vous donnez la peine d'apprendre le language de programmation R, c'est une bonne solution pur vous.

Il vous permet de faire un peu tous que l'on fait en statistiques: les méthodes univariés et multivariés, les cartes topologique et les l'apprentissage supervisé.

Ce qui est bien, c'est que le code source est ouvert et gratuit, et donc - comme son concépteur Ricco RAKOTOMALALA l'indique, c'est un vrai laboratoire pour appredre à la fois la statistique, l'appretinssage artificeil et la programmation en Delphi.

Je l'ai installé, et il a fonctionné sans bug - ce qui est déjà bien pour un logiciel libre- mais je l'ai pas testé complètement. Finalement, je ne sais pas pourquoi ce projet est un peu abandonné, et qu'il n'y a pas de communauté autour. Il peut faire un logiciel libre contre la présence monopole de Clémentine.

Un petit bémol: le choix du langage de programamtion. Je pense que s'il était écrit en Java ou Python, il aurait pu mieu s'équiper d'une communaté de soutien, chose qu'il ne semble pas être le cas en ce moment. Mais en tout cas, bravo pour l'idée et la conception.

Lien vers le site du Tanagra

A plus,

QUE VOUS LE CROYEZ OU PAS!

2007-08-16T14:47:00.000+02:00

Quand je suis venu en France en 2002, j'ai trouvé que les médecins français étaient beaucoup moins branchés aux informatiques en France qu'en Iran. La preuve, en 2002 j'avais déjà mon premier poste de Blog sur Blogger, et je possédais mon email depuis 1992.

Mais!...Mais en espace de 5 ans, je vois multiplié le nombre des médecins utilisant des outils en informatique médicale en France, grâce à ses infrastructure informatique robuste, et encore grâce à l'ADSL qui est désormais un phénomène nouveau en Iran. Ceci dit, en ce qui concerne les blogs, les iraniens sont eux aussi restés parmi les nations les plus blogueurs du monde (4ème en 2006).

En tout cas, la raison pour laquelle je reviens blogger après 5 ans n'est pas comparer mon pays natale avec mon pays adoptif, mais il y a bien d'autre raison:

J'ai appris le français, donc je me permets d'écrire en français, alors qu'avant j'écrivais mon blog en persan (j'ai d'ailleurs perdu tous mes postes!).

J'ai fait mes études en informatique médicale, donc cette conviction informatique m'oblige de m'exprimer en utilisant les outils informatique.

Je pense que le temps est arriver pour que je recommence à philosopher, comme je le faisait avant d'arriver en France, car j'en ai marre de cette vie boulot,métro,dodo.

Je trouve un peu plus de temps en ce mois d'août où il fait tout sauf beau, et grâce à ça, je travaille mon imaginaire plus que quand il fait beau!

Qu'est-ce que je vais faire?

Et bin, je vais écrire tous les jours, sur la médecine, l'informatique médicale, la philosophie, la politique, et tous ce qui me semble interessant.

A plus